今天小编就给大家讲解怎样从TCMSP数据库获取中药有效成分和中药靶点。
下面就以栀子Gardeniae Fructus为例，为大家演示一下操作过程。
1、首先，我们当然要进入TCMSP数据库的网站。
https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php
TCMSP是什么？
TCMSP的全称是中药系统药理学数据库与分析平台，它是一种独特的中草药系统药理学平台，它能捕捉药物、靶标和疾病之间的关系。TCMSP数据库包括化学物质、靶点和药物靶点网络；相关的药物靶点网络；涉及口服生物利用度、药物相似度、肠上皮通透性、血脑屏障、水溶性等天然化合物的药代动力学特性。
TCMSP数据库包含了499味草药和每味草药的化合物成分（约29000余个），针对每个化合物提供了较全面的人体吸收、分布、代谢性质评价数据，同时提供潜在活性分子的靶标及其疾病信息，形成了针对每味草药的药物—靶标—疾病网络，为从系统水平研究中药作用机理提供一个新平台。
2、在"Herb name"的搜索框内输入想要分析的药物，比如栀子，再点击搜索。
3、进入搜索结果界面，在结果界面便能找到你所要分析的药物信息，包括它的中文名称和拉丁名。
4、当进入数据结果界面后，我们可看到表格里提供了很多数据指标，我们按照自己的分析设定删选条件。在这里，我们设定OB值大于30%，DL值大于0.18.
温故知新
OB值(oral bioavailability)，即生物利用度，指的是制剂中药被吸收入人体循环的速度与程度。生物利用度反映着所给药物进入人体循环的药量比例，它描述口服药物由胃肠吸收，及经过肝脏而达到体循环血液中的药量占口服剂量的百分比。
DL值(drug-like properties)，即类药性，指的是化合物与已知药物的相似性。具有类药性的化合物并不是药物，但是具有成为药物的可能，这一类化合物称为类药性分子或药物类似物分子。
OB值设定
DL值设定
5、删选后，我们就得到了所需要的结果。接下来我们把这些数据条目复制下来，新建一个txt文件，把复制的数据粘贴到新建的txt文件上，再把得到的txt文件拖到Excel文件里。
6、如果我们想要了解每个分子的详细资料，可点击分子名称，便能获得该分子的化学结构式和其他理化性质的信息。
通过上述操作，我们就得到了“栀子”这种中药有效成分的文件，然后我们还需获取中药靶点。
7、为了获取“栀子”中药靶点，我们需要再回到刚检索的结果界面，选择”Related targets“，选择后我们可看到中药的靶点。这里显示的是所有有效成分的靶点。现在我们筛选靶点时，也要按照DL>0.18和OB>30%原则，删选中药有效成分的靶点。
由于此列表显示的每个药物成分有不止一个靶点，所以我们需要把所有靶点都下载，再结合有效成分的数据，通过Perl脚本，整理得到有效成分的靶点。
8、现在我们需要获得删选后的中药成分的靶点，下面是我们需要用到的脚本。
use strict;
use warnings;
my %hash=();
open(RF,"中药成分.txt") or die $!;
while(my $line=<RF>){
chomp($line);
my @arr=split(/\t/,$line);
$hash{$arr[0]}=1;
}
close(RF);
open(RF,"靶点.txt") or die $!;
open(WF,">targetName.txt") or die $!;
print WF "MolId\tMolName\tTarget\n";
...
经过处理后，我们获得可用于后续分析的数据。后续的分析可以使用生物信息学方法进行，比如化合物—靶点—疾病网络的构建、GO和KEGG富集分析、构建PPI网络。
好了，今天小编就分享到这里，敬请继续关注我们的公众号，下一期小编会继续跟分享更多精彩，不要错过哦！
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