档案馆负责管理全校党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、出版、外事、财会、声像、实物等十一类共计约8万卷（件）档案。2000年12月经省档案局验收，我馆达到“国家科技事业单位档案管理二级”标准。

档案馆负责管理全校教职工人事档案。2002年干部人事档案管理经省委组织部验收，达到中组部的二级标准。

山西医科大学档案馆现为山西省高校档案学会常务理事单位，馆藏丰富。其中党群、行政档案最早立卷于1948年，目前，根据国家有关政策，已将可以公开的档案向社会全部开放，欢迎各界人士到山西医科大学档案馆查阅有关资料。