医学信息学研究生教育归属于“医学”学科门类。山西医科大学2002年设立信息管理与信息系统本科专业，2019年获得医学信息学二级学科博硕士学位授权点，2020年设立智能医学工程本科专业，2025年设立生物医药数据科学专业并开始招生，已形成本、硕、博多层次培养体系，学位授予涵盖了医学、管理学、理学和工学领域。是全国较早开展医学信息学研究生教育的院校之一。
博士研究生培养周期为4年，硕士研究生为3年。教学分为课程学习和科学研究两个阶段。完成学位课程考核基础上，在导师指导下进行课题研究，并有研究成果发表。学位论文通过盲评、交流和答辩，符合学校关于博、硕士学位授予条件的相关规定，可以申请获得相应的学位。
学位点拥有共26所实践教学基地和7个省部级以上科研平台，将科学研究和医学信息学教育深度融合。融入医学情境，以药物重定位为轴心，以数智技术为驱动，构建了“赋能、整合、创新”的医学信息创新人才培养新业态和新模式。研究主要聚焦在：①老药新用：通过融合数据对已有药物进行重新筛选、组合或改造从而发现其未知新用途。学位点授权至今已探索了22种药物的重定位。②新药研发：运用大数据技术和生物信息学方法，优化了以CMap模型为基础的药物发现框架，为全疾病领域的新药研发提供了普适性的解决方案。③疾病干预：基于大数据的精准医疗技术已应用于临床疾病治疗，其临床效果相较于传统的治疗方案有了显著提升。
学位点依托细胞生理学教育部重点实验室、临床决策研究大数据山西省重点实验室和产教融合研究生联合培养示范基地等省部级平台，基于具体的医学情境，以提升学科素养和研究创新能力为重点，构建了“体验实践-研究实践-研究创新”的学术训练体系，实现“实践、反思、提升”贯通、校内校外一体化学术教学模式。所构建的医疗数据标准化体系和智能化平台已被政府机构、科研单位、医院和企业采纳和推广，在临床、科研及成果转化方面取得了标志性的示范效应。健康医疗大数据智能平台等多个系统在中国人民解放军总医院等多家医院取得示范效果，提出的疾病诊断、医疗质量、费用控制和疾病防控等方面的整体解决技术方案被中国风湿免疫病医联体联盟山西区域联盟采纳推广。
学位点与美国德克萨斯大学奥斯汀分校和哈佛医学院、比利时鲁汶大学、韩国延世大学、清华大学医学部、武汉大学、南京大学、中国人民大学、中国人民解放军总医院第二医学中心和第五医学中心、南方医科大学、南方科技大学、中山大学、郑州大学、西安交通大学等国内外知名大学教授、医院主任建立了广泛合作，为培养复合型医学信息学人才、促进多元化学术交流提供了良机。