崔永萍教授团队针对山西省太行山区高发的食管鳞癌（ESCC）开展研究，进行了全球最大规模的ESCC全基因组及多组学测序，建立了ESCC多组学数据库；通过对508例食管癌的全基因组测序，发现并鉴定了5个与食管鳞癌转移和患者预后相关的新的显著突变基因，根据基因组图谱将食管鳞癌分为三种主要亚型，能够强有力地预测食管鳞癌患者的预后生存（Cell Res 2020）；通过多点区域组织全外显子及免疫组库测序分析，发现了食管鳞癌中Mutational Signature 3与BRCA1/2突变的相关性，携带BRCA1/2突变的患者对铂类治疗方案敏感，为携带BRCA1/2突变食管鳞癌患者的治疗提供了依据（Nat Comm 2019）；发现了FAT1在食管鳞癌中的高频显著突变，揭示了FAT1在食管鳞癌中通过影响MAPK/ERK信号通路抑制EMT进而抑制食管鳞癌侵袭迁移（Cancer Lett 2017）。主持国家自然科学基金重点项目“食管鳞癌异质性及耐药机制的多组学贯穿分析研究”（2014/01-2018/12）、科技部“重大慢性非传染性疾病防控研究”重点专项子项目等国家级重点项目，主持消化系统恶性肿瘤防治山西省重点实验室和山西省科技创新团队，相关研究成果获得2019年度山西省自然科学奖一等奖。
