李小峰教授团队多年持续开展自身免疫性疾病诊疗科研攻关，结合中医阴阳五行的整体辩证思路，率先提出风湿免疫类的自身免疫性疾病的发病机制是“免疫失衡”而不是传统的“免疫亢进”，而治疗原则应是“免疫调节”而不是“免疫抑制”。基于此新思想，并依据药物重定位路径，预测出雷帕霉素可以通过抑制mTOR来抑制Naïve T细胞向Th17细胞分化，促进Naïve T细胞向Treg细胞分化，通过双向调节作用，使机体的Th17/Treg细胞平衡，达到调节免疫的目的治疗自身免疫性疾病。此发现开创了治疗免疫性疾病的新模式，即从免疫抑制转向免疫调节，为免疫治疗领域带来了理论到实践的创新。该药物在中国风湿免疫医联体联盟山西区域联盟的10家医院得到广泛应用，治疗的平均住院费用从2016年的16543元下降到2018年的12302元，下降25.6%，平均住院时间从2016年的14天减少到2018年的13天，死亡率从2.5%下降到0.3%，可为医院每月增加1000万元收入。该疗法疗效显著，减轻了患者经济负担，应用前景广阔。同时在山西省建立了医研企结合的科研创新团队，入驻单位包括美国哈佛医学院、美国约翰霍普金斯大学、解放军301总医院、美国BD公司、上海川至公司、华北制药股份有限公司等八家单位，共同进行相关研究。这些研究理念和成果多次在国际会议上做专题报告，包括2016年亚太风湿病年会APLAR大会、美国风湿病年会、2017年欧洲风湿年会（大会发言3篇，壁报9篇）、2018年欧洲风湿年会（壁报8篇）、2018年美国风湿病年会（大会发言4篇，壁报10篇），引起了全世界的关注，获得了广泛的国际认可。该团队在风湿免疫性疾病诊疗技术方面也有突破：通过改进流式细胞计数方法检测风湿性疾病患者外周血包括Treg细胞在内的CD4+ T细胞各亚群的绝对细胞计数，发现多种自身免疫性疾病患者存在免疫耐受缺陷。主编专著《免疫微生态学》，提出“免疫微生态调节新理念”，指出肠道菌群的失衡是造成免疫功能紊乱的根源，调节肠道菌群对临床治疗具有积极价值。这些成果使免疫性疾病治疗新理念得到传播，也可能催生“免疫微生态学”新学科的建立。撰写《风湿病和免疫相关性疾病临床评估与治疗指导手册》，为风湿免疫性疾病的临床诊疗提供了指导。研究成果获得NSFC项目资助，获得山西省科技进步奖二等奖3项。
