1996年4月4日，原国家教委同意山西医学院更名为山西医科大学；1996年9月5日，山西省人民政府批复同意山西医学院更名为山西医科大学。批复中指出，学校由省人民政府领导，省教委管理，实行大学领导下的学院制。根据当时的办学情况，先设第一临床医学院、第二临床医学院、公共卫生学院、汾阳学院等4个二级学院，二级学院均按普通专科学校建制。1996年9月6日，学校隆重举行了山西医科大学庆祝更名大会，中国书法家协会原主席、北京师范大学教授启功题写了“山西医科大学”校名。