中共山西医科大学药学院委员会下设8个党支部，其中教职工党支部3个，研究生党支部2个，本科生党支部3个。现有党员148人，其中教职工党员43人，研究生党员27人（含博士研究生2人），本科生党员78人。

药学院党委是中共山西医科大学党委领导下的二级党委，是维护学院稳定、促进学院和谐、保证学院改革发展的核心组织和重要支撑。在学校党委的正确领导下，学院党委坚持以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，扎实推进学院“三基建设”，在抓好抓实基层党建工作的基础上，不断加强基层党组织的思想建设、组织建设和作风建设，促进学院的学科建设、教学科研、社会服务不断发展。

2020年，药学院党委荣获“山西省先进基层党组织”；2019年6月，教工第三党支部入选首批“全省高校党建工作样板支部”，12月入选“全国党建工作样板支部”；教工第二党支部于2018年荣获中共山西省高等院校工作委员会授予的“先进基层党组织”。