药物化学综合实验室前身药物合成实验室，始建于1979年，1998年实验室评估合格。2004年与中草药实验室合并为药物合成实验室，2014年更名为药物化学综合实验室。实验室拥有3个学生实验室，1个化工原理演示实验室和1个准备室； 拥有光学显微镜、半制备液相色谱仪、阿贝折射仪、熔点测定仪、旋转蒸发仪、合成装置、药物提取罐、微波真空干燥器等教学科研仪器设备。

实验室有实验教师共11人、实验技术人员2人，其中高级职称8人，博士9人。实验室承担药学、中药学、药物制剂三个专业的3门本科生课程（有机化学、药物化学、化工原理）的实验教学工作。

建室以来，实验室教师及实验人员主持、参加了多项国家自然科学基金项目、国家863项目以及省部级项目；发表学术论文40多篇，获省级科技进步奖4项，成果鉴定8项，发明专利9项，技术转让1项。