药学院前身为山西医科大学药学系，创建于1979年，同年开始招收药学专业学生。1999年更名为山西医科大学药学院。学院以本科教育为主，现有药学、药物制剂、中药学、临床药学四个本科专业。
2007年药学专业被授予山西省本科品牌专业，2010年成为教育部国家高等学校特色专业建设点。2011年，药物制剂专业成为山西省特色专业。2014年，中药专业成为山西省中药学高等学校特色专业建设点。2013年药学、药物制剂招收国际课程学术互认项目班。
围绕学校教学、科研、医疗保健服务、医药产业开发“四位一体、协调发展”的办学模式，以教育思想和教育观念的转变为先导，以课程体系、教学内容、教学方法的改革为基础，以现代化实验条件和教学手段的建设为重点，以提高师资队伍的教育思想和业务素质为关键，以培养具有创新精神的药学专业人才为目标，建设教学质量高，科研力量强的药学、中药学、药物制剂专业。
四年制药学专业
培养目标：本专业培养具备药学学科基本理论、基本知识和一定的实验技能，掌握一定的人文社会科学、自然科学知识，能够在药学领域从事药物研究与开发、药物生产、药物质量控制、药物临床应用和监督管理等方面工作的药学专门人才。
课程设置：药学专业以药学、化学和生物学为主干学科，开设课程主要有有机化学、分析化学、物理化学、人体解剖生理学、生物化学、微生物学与免疫学、药物化学、天然药物化学、生药学、临床医学概论、药剂学、药理学、药物分析、生物药剂学与药物动力学等。
毕业去向：可到各级医院药剂科、药品检验所、制药企业、科研单位及医药院校等单位从事新药研究与设计、合理用药、药品鉴定、药物制剂研究和教学等工作。
学位授予：理学学士
注：该专业为国家级特色专业建设点、山西省普通高等学校本科品牌专业
四年制药物制剂专业
培养目标：本专业培养具备药物制剂和药物制剂工程等方面的基本理论、基本知识和基本实验技能，掌握一定的人文社会科学、自然科学知识，能够在药学领域从事药物剂型与制剂的研究与开发、生产、制备、质量控制、管理及药物临床应用等方面工作的药学专门人才。
课程设置：药物制剂专业以药学、化学、生物学为主干学科，开设课程主要有分析化学、有机化学、物理化学、人体解剖生理学、生物化学、微生物学与免疫学、药物化学、药理学、药物分析、化工原理、药剂学、生物药剂学与药物动力学、药用高分子材料学、药物制剂工程等。
毕业去向：毕业后能够在药品研究单位、生产企业、医院药剂科、社会社区药房、药品检验所、大中专院校等从事药物制剂及制剂的研究开发、药物制剂的生产管理及质量管理、制剂工艺技术设计以及药品调剂和临床用药指导等工作。
学位授予：理学学士
注：该专业为山西省高等学校特色专业
四年制中药学专业
培养目标：本专业培养具备中医药学基本理论、基本知识、基本技能以及相关的药学、中医学等方面的知识和能力，掌握一定的人文社会科学、自然科学知识，能在中药生产、检验、流通、使用、研究开发等领域从事标准化中药材生产与鉴定、中药炮制与制剂、中药质量与分析、中药药理与安全性评价及临床合理用药等方面工作的专业人才。
课程设置：中药学专业以中药学、中医学、化学为主干学科，开设课程主要有中医学基础、方剂学、中药学、无机化学、有机化学、分析化学、物理化学、生物化学、药理学、药用植物学、中药药剂学、中药鉴定学、天然药物化学、中药炮制学、中药药理学、中药分析、药事管理学等。
毕业去向：毕业后可到药品监督管理部门、医院药剂科、药品检验所、药物研究所、制药企业、医药公司、药材公司、中药材基地、大中专院校等单位从事有关中药的新药研究与设计、质量控制、生产合理用药及教学工作。
修业年限：四年
学位授予：理学学士
注：该专业为山西省高等学校特色专业
五年制临床药学专业
培养目标：本专业培养具备临床药学基础知识、基本理论和基本技能，能够从事以合理用药为核心的全程化药学服务工作的专门人才。
课程设置：生物化学、生理学、病理生理学、内科学、外科学、妇科学、儿科学、诊断学、药物化学、药物分析学、药剂学、药理学、生物药剂学、临床药理学、临床药物动力学、临床药物治疗学、药事管理学、药物流行病学等。修业年限：五年
学位授予：理学学士
注：该专业为教育部特设布控专业
