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组会文献分享┃Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis

 分享人:刘格良

分享时间:2019.11.11早9:00

地点:线上会议(#腾讯会议:824-450-662)

参与人:张皓旻、陈熙勐、武强、郭斌、张钧栋、智鹏、刘格良、李卓阳、王紫宁、陈浩然、张昊军、耿杰、张力中等30余人

主要内容:主要就Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis文章内容及相关工具的应用进行了分享。介绍了本文的行文逻辑与亮点。HISAT2表现出最快的速度和最准确的的比对拼接;

StringTie在速度跟准确度上都优于Cufflinks;从头组装工具中,Oases表现最佳;在不经过比对的转录本定量中,Salmon-SMEM通常是准确而快速的工具;DESeq2与edgeR可以获取高准确度的差异表达分析结果;GATK可以作为一个准确的变异位点的检测工具;与比对工具联用,GIREMI可以准确预测RNA编辑位点;IDP-fusion与FusionCatcher可以准确预测基因融合。



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