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组会文献分享┃Normalization of RNA-seq data using factor analysis of control genes or samples

 分享人:孙翔飞

分享时间:2022.3.9早9:00

地点:线上会议(#腾讯会议:801-190-082)

参与人:王琪、师高翔、高启超、武莉、刘格良、薛佳、郑超越、程灵婧、冯爽、孔腾、孙翔飞、李渊、陈浩然、常敏静、王灿、薛丹阳、黄泰、纪之琳、齐荣煊、李晨龙、郭仟禧、何田田、樊芙蓉、龚万里、张书贤、莫状、侯雅琪、吴静等60余人

主要内容:RNA-seq数据的标准化已被证明对确保表达水平的准确推断至关重要。通常的归一化方法主要考虑了测序深度,而不能纠正文库制备和其他更复杂的不必要的影响。本研究评估了ERCC插入控制的性能,并研究了直接使用它们进行归一化的可能性。本研究表明,峰值输入不够可靠,不能用于标准的全局缩放或基于回归的归一化过程。本研究提出了一种标准化策略,即RUV,通过对适当的控制基因集(如ERCC峰值)或样本(如复制文库)进行因子分析来调整有害的技术效应。与最先进的归一化方法相比,本研究的方法可以更精确地估计表达式折叠变化和差分表达式测试。且RUV对于涉及多个实验室、技术人员和/或平台的大型协作项目很有价值。

 



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