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组会文献分享┃HRT Atlas v1.0 database: redefining human and mouse housekeeping genes and candidate reference transcripts by mining massive RNA-seq datasets.

 分享人:黄泰

分享时间:2022.7.6早9:00

地点:线上会议(#腾讯会议:262-570-093)

参与人:王琪、师高翔、高启超、武莉、刘格良、薛佳、郑超越、程灵婧、冯爽、孔腾、孙翔飞、李渊、陈浩然、常敏静、王灿、薛丹阳、黄泰、纪之琳、齐荣煊、李晨龙、郭仟禧、何田田、樊芙蓉、龚万里、张书贤、莫状、侯雅琪、吴静等60余人

主要内容:主要就文章《HRT Atlas v1.0 database: redefining human and mouse housekeeping genes and candidate reference transcripts by mining massive RNA-seq datasets.》相关内容及相关工具的应用进行了分享。介绍了HRT Atlas v1.0数据库:通过挖掘大量的RNA-seq数据集来重新定义人和小鼠看家基因和候选参考转录本。管家(HK)基因是组成型表达的基因,是维持基本细胞功能所必需的。尽管它们在校准基因表达以及理解许多基因组和进化特征方面很重要,但在先前鉴定出这些基因的研究中却发现了重要的差异。HRT Atlas是一个基于网络的数据库,该数据库解决了以前在鉴定这些基因时发现的局限性,并提供了更准确的数据库和小鼠HK基因和转录本的构建。还提出了一些针对这些HK转录物的基因表达的特异性引物和预测的修饰子。HRT Atlas还提供了最稳定,最合适的组织选择性候选参考转录本,用于qPCR实验的标准化。还提出了一些针对这些HK转录物的基因表达的特异性引物和预测的修饰子。用户可以显示和下载2176 HK基因的2158个人HK转录物和3277 Mouse HK基因的3024小鼠HK转录物的表达和下载列表。

 



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