分享人：纪之琳

分享时间：2023.2.8早9：00

地点：线上会议

参与人：王琪、师高翔、高启超、武莉、刘格良、薛佳、郑超越、程灵婧、冯爽、孔腾、孙翔飞、李渊、陈浩然、常敏静、王灿、薛丹阳、黄泰、纪之琳、齐荣煊、李晨龙、郭仟禧、何田田、樊芙蓉、龚万里、张书贤、莫状、侯雅琪、吴静等60余人

主要内容：核糖体数据库项目（RDP）分类器是一种朴素的贝叶斯分类器，可以快速准确地将细菌16SrRNA序列分类为Bergey的原核生物分类大纲中提出的新的高阶分类法。它提供从域到属的分类分配，以及每个分配的置信度估计。大多数分类（98%）具有高估计置信度（≥95%）和高精度（98%）。除了使用Bergey大纲中的5,014种菌株序列的语料库进行测试外，RDP分类器还使用NCBI分配给其替代高阶分类法的23,095个rRNA序列语料库进行测试。对两个语料库的测试结果表明，近全长和400碱基片段在所有置信水平下的总体准确性为89%或更高，直到属水平，大多数分类错误似乎是由于当前分类法中的异常造成的。对于较短的rRNA片段，例如可能由焦磷酸测序产生的片段，错误率在16S rRNA基因的长度上变化很大，V2和V4可变区域周围的片段给出最低的错误率。

总的来说，RDP 分类器既适用于单个 rRNA 序列的分析，也适用于数千个序列的文库分析。另一个相关工具RDP文库比较旨在促进基于16S rRNA基因序列文库的微生物群落比较。它将 RDP 分类器与统计测试相结合，以标记样本之间差异表示的分类群。