文献标题:The Shared Mechanism and Candidate Drugs of Multiple Sclerosis and Sjögren’s Syndrome Analyzed by Bioinformatics Based on GWAS and Transcriptome Data[1]

小组负责人:李渊
组员:李晨龙,莫状,焦新龙
该文章基于GWAS和转录组数据的生物信息学分析对多发性硬化症以及干燥综合征的共同机制和候选药物进行相关的研究。
数据来源于两大数据库:GWAS数据库、GEO数据库,对两种疾病的疾病数据进行差异基因分析,并对相关基因进行富集分析,对富集通路以及靶点进行药物预测。
此次复现活动由李渊总体负责文章解读及复现计划设计,分别由李晨龙负责多发性硬化症(MS)的转录组数据下载,差异基因、通路富集,PPI网络以及靶点-药物互作网络分析,Drugbank、DGIdb数据库的使用;焦新龙负责干燥综合征(SS)的转录组数据下载,差异基因、通路富集,PPI网络以及靶点-药物互作网络分析,Drugbank、DGIdb数据库的使用;莫状负责两种疾病GWAS数据下载以及基因、通路的富集,CTD数据库的使用,两种疾病共同基因的GO富集分析。
文献复现大致分为三个阶段,第一阶段完成数据下载,完成基因差异分析以及通路富集分析;第二阶段完成共同基因筛选,共同基因的GO富集分析以及通路-基因的互作网络绘制;第三阶段实现候选药物的筛选。
负责人联系邮箱:vistry@yeah.net
【参考文献】
[1]. Hong X, Wang X, Rang X, Yin X, Zhang X, Wang R, Wang D, Zhao T, Fu J. The Shared Mechanism and Candidate Drugs of Multiple Sclerosis and Sjögren's Syndrome Analyzed by Bioinformatics Based on GWAS and Transcriptome Data. Front Immunol. 2022 Mar 9;13:857014. doi: 10.3389/fimmu.2022.857014.