本文由医信融合团队成员“陈浩然”撰写，已同步至微信公众号“医信融合创新沙龙”与“研究生学生信”，更多精彩内容欢迎关注！
前言
一个人如果认为意外是对个人的侮辱，那意味永远不会找上他。一个人如果把一切都归结为意外，那他永远就不会鼓起勇气和生活抗争。
——吸奇侠
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资源！GEO芯片分析教程汇总。
30分钟的教程写了13年，被名字耽误的正则表达式！
GEO芯片中的NM，NR开头的识别号如何转换成基因名称？
有些GEO平台的探针转换比较麻烦
如何让基因名称在多个数据库间随意转换？
如果不太清楚如何挖掘GEO数据库的，可以先看
1.四文搞定GEO数据库转录组差异分析之简介
2.四文搞定GEO数据库转录组差异分析之操作
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本文能解决的问题
在我们分析GEO数据的时候，总会遇到下面这样的GPL，没有gene symbol，也不太好转换。参考GEO芯片中的NM，NR开头的识别号如何转换成基因名称？等其他ID转换的文章，我们确实是可以完成任务，但是特别费时费力，而且总是得一种ID对应一种转换流程，很麻烦。
当需要分析10个平台的时候，我们可能一个一个做，3天能做完，而如果当我们需要分析6000个平台的时候。。。
本文主要针对没有symbol列的人/小鼠的芯片数据GPL文件进行自动、批量ID转换，对着电脑发会儿呆，GPL文件就处理好了。
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主要利用俩技术
正则表达式负责识别ID类型以及具体的每个ID
bioma**Rt**包负责各种ID转换
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怎么用
1. 2022年6月23日之前，后台回复GEO芯片分析，获取相关代码和文件
2. 打开GPL_auto_ann.Rproj
3. 在Rstudio的右下窗口File栏中双击GPL_auto_ann.R
4. 修改第三行root_dir的目录名为GPL_auto_ann文件夹所在目录，以“/”斜杠分割，如此处为D:/GPL_auto_ann
5. 将需要ID转换的GPL文件放入GPL_file文件夹
6. Rstudio左上区域ctrl+A全选代码，然后
即可
一些声明：
• 本文并未针对大鼠ID转换写相应代码，请运行之前检查！
• 由于GPL文件现在挺大的，因此输出文件将覆盖源文件，并仅保留两列（ID列和symbol列）
• 针对原来就已经有symbol列的GPL文件，代码并未做任何修改
感谢观看到最后，敬请批评指正
图文：陈浩然
本文编辑：莫状
