本文由医信融合团队成员“刘格良”撰写，已同步至微信公众号“医信融合创新沙龙”与“表观精准治疗”，更多精彩内容欢迎关注！

在 win10 下搭建 Ubuntu 系统

生物信息已成为时下医学科研最炙手可热的工具。能够应用 RNA-seq、ATAC-seq、CHIP-seq 等高通量测序数据独立搭建分析环境、开展分析工作是每个生物信息学者的必备技能。“工欲善其事必先利其器”，入行多年的资深专家，通常拥有高性能服务器及完备的生物信息分析环境。然而，这些对于刚刚入行的 “生信小白” 来说成本颇高。虽然以 VMware 为代表的虚拟机可以解燃眉之急，但是 Ubuntu16.04LTS 总是会出现网络连接问题，是搭建生物信息分析环境的瓶颈。

这种情况下 win10 Ubuntu 子系统不失为一种好的选择。Win10Ubuntu 子系统实现了 Linux 与 Windows 的兼容，相比于 VMware 虚拟机还需要分割电脑内存等资源，Win10Ubuntu 子系统不仅更能充分利用电脑资源，而且在 Windows 系统内运行，可视化操作性更强，对大部分熟悉 Windows 的 “生信小白” 显然更加友好。

今天小编就带大家来学习：如何在 win10 系统下搭建 Ubuntu 子系统。

1 确认版本首先并不是所有的 win10 版本都支持安装 Ubuntu 子系统，win10 版本需在 1607 以上，如果不知道自己版本的小伙伴，可以输入命令 winver 来查看 win10 版本。

2 系统设置确认系统版本之后，就可以为安装 linux 子系统做准备了。依次找到：控制面板—启用关闭系统—勾选可使用 Linux 子系统，如果手头没有重要的工作，选择电脑立即重新启动。

3 Ubuntu 的安装与初始化重启完毕后，打开 Windows 官方的应用商城，在搜索栏搜索 WSL，点击获取这些应用，紧接着点击第一个 Ubuntu 下载安装。安装成功后，打开 Ubuntu 进行初始化设置，此时设置用户名称，管理员密码（注意：输入时密码不会显示出来，一定要牢记密码）。

4 环境配置此时我们已经能够在 win10 上运行 Ubuntu 子系统，接下来安装 Minconda 并且配置镜像。在此使用清华镜像源（清华镜像源官网：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/）。

▶ 进入官网点击 “获取下载链接”，选择应用软件找到 Conda，根据自己电脑的系统选择需要的版本，注意是下方的 Miniconda，右击复制下载链接，进入 Ubuntu 中输入代码进行下载，如下图（输入 wget -c 右击鼠标粘贴 Miniconda 下载地址）。

▶下载完成后，键入安装代码：

$ bash Miniconda3-4.7.10-Linux-x86_64.sh

▶ 安装成功后激活 conda：

$ source miniconda3/bin/activate。

▶ 接着为 conda 配置清华镜像源的频道，键入以下代码。

$ conda config –add channelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

$ conda config –add channelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

$ conda config --set show_channel_urls yes

$ conda config –add channelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

$ conda config –add channelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

▶ 利用 conda 安装软件，键入

$ conda create -n rna-seq sra-tools fastqc cutadapt trimmomatic star hisat2 samtools subread htseq

▶ 全部安装后，环境搭建完成。键入 $ conda activate rna-seq 来激活虚拟环境，即可进行后续的分析。

图文：刘格良

本文编辑：李晨龙