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10--基于文献的草药成分和靶标数据库:HIT2.0

这里介绍同济大学曹志伟教授课题组开发的草药成分和靶标数据库HIT(Herbal Ingredients' Targets Platform)的升级版2.0版。该数据库的1.0版和2.0版分别于2011和2021年发表在核酸研究杂志上。数据库的网址是:

http://www.badd-cao.net:2345/

数据库的信息全部来自文献,并经过人工核对。共包含1250种草药、1237种成分、2280个靶标,其中1231个是疗效靶标,56个是microRNA靶标。

下面简单介绍数据库的用法。

一、搜索草药的成分和靶标:以黄连为例

点击Search -> Herb,输入草药的中文名或拼音名,点submit

在黄连的页面,可以下载文献报道的靶标和成分。

点击某个成分的结构图,可以到达这个成分的页面,获得该成分的靶标

二、根据成分搜索靶标和草药:以小檗碱为例

搜索方法见下图

三、文献挖掘获取靶标

数据库提供了文献挖掘工具,可以输入化合物的名称,通过Pubmed的文献挖掘技术,提取PubMed中文献的摘要里关于输入的化合物的相关基因。

使用方法见下图

结果见下图:

可以下载结果,作进一步的人工核对验证。

参考文献

Deyu Yan, Genhui Zheng, Caicui Wang, et al. HIT 2.0: an enhanced platform for Herbal Ingredients' Targets, Nucleic Acids Research, 2021, gkab1011,https://doi.org/10.1093/nar/gkab1011

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