KEGG（Kyoto Encyclopediaof Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书）数据库，是一个整合了基因、基因组、以及更高层次的功能信息的数据库，以实现对基因功能的系统化分析。KEGG数据库的网址是：https://www.kegg.jp/。
本期介绍KEGG数据库的核心模块KEGG Pathway在网络药理学研究中的应用。其网址是：
https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html
一、数据库的主要内容
在KEGG Pathway的主页上，按以下7大类列出了该数据库包含的所有通路：
1. Metabolism
2. Genetic Information Processing
3. Environmental Information Processing
4. Cellular Processes
5. Organismal Systems
6. Human Diseases
7. Drug Development
其中第1大类是代谢通路，由代谢物、催化代谢物之间转换的酶、以及它们之间的相互关系构成；第2~5类是信号通路，主要由参与同一个生物学过程的基因、蛋白以及它们之间的关系构成；第6大类是人类疾病通路，包含了参与各个疾病的发生、发展的基因、蛋白以及它们之间的相互作用；第7大类是药物模块，包含了日本临床药物和FDA批准的药物的信息，药物按类别组织在各个模块中。
二、通路搜索及通路信息
KEGG的通路都分类罗列在Pathway数据库的首页，可以直接点击通路名称进入通路页面，也可以直接输入通路名称搜索。以三羧酸循环为例，搜索方法见下图：
在搜索框输入通路名称，点击“Go”,就出现所搜索的通路以及与它相关的通路，见下图：
点击通路的略图，就进入该通路的页面，见下图：
上面的通路叫参考通路(reference pathway)，里面包含了所有物种的信息。图中小圆圈代表代谢物，方框代表酶，圆角方框代表与该通路相关的其它通路，实线代表直接作用，虚线代表间接作用。
在上图点击“reference pathway”框的三角，可以选择物种，得到物种特异的通路。如下图就是人的三羧酸循环通路。
上图中绿色的框代表该物种里有的酶，白色的框则是该物种里没有的酶。
点击通路图上方的“pathway entry”,进入该通路的详细信息页面，见下图：
此页面中，“description”栏目介绍了该通路的生物学意义，“disease”栏目列出该通路相关的疾病，“drug”列出作用于该通路的药物，“compound”和"gene"栏目分别列出该通路上的化合物和（编码酶的）基因。
三、通路映射
通过KEGG pathway的“Mapper”功能，将研究的基因和代谢物（如预测的药靶，组学实验获得的差异基因、蛋白、代谢物）映射到通路上，可以了解这些分子所参与的通路。另外，用通路富集工具如DAVID, Metascape等所找出的富集的KEGG通路，也可以用KEGG的这个功能显示出作用于通路上的小分子。
进行通路映射，首先要准备一个分子列表，其中一列是基因和/或代谢物的ID，另一列是自己定义的颜色。
通路映射的步骤如下：
1. 在KEGG pathway主页点击“KEGG Mapper”
1. 点击“Search&Color Pathway”
1. 输入查询的物种、分子等信息，执行查询：
这里也可以只输入基因，或只输入代谢物，也可以不输入第2列的颜色，此时默认所有输入的分子在通路中以粉红色显示。
1. 得到通路映射结果见下图。括号中是作用于相应通路的输入分子个数
1. 在结果页面点击相应通路的ID,就转向该通路的页面，通路中对应输入分子的位置则被作以定义的颜色。在通路图上点击鼠标右键，就可以下载通路图。见下图：
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