本文由医信融合团队成员“陈浩然”撰写，已同步至微信公众号“医信融合创新沙龙”与“研究生学生信”，更多精彩内容欢迎关注！
汪品先院士**曾经说过：德育崇尚信仰，科学贵在怀疑**
1
起因
前几天做KEGG时报错了，误以为KEGG用不成了，心想可能是数据库出现了问题，当时的心情不亚于当年被苏联专家们抛弃的感受，如果上天再给我一次机会，我一定把它本地化了！
还好，这个问题被生信技能树的专家们和Y叔解决了（KEGG数据库倒闭了吗），报错原因明确，解决方法也很简单。
2
解决方法
简要概括解决办法就是：修改R下载函数的协议
#第一种解决方法，间接
# install.packages('R.utils') #仅需安装一次
library("R.utils")
R.utils::setOption( "clusterProfiler.download.method",'auto' )
#第二种解决方法，直接
options(clusterProfiler.download.method = "wininet")
两种方法均可，本文推送完毕，针对KEGG数据库分析将不再有任何问题。
但！
3
番外：万一KEGG真用不了了
小日子过得不错的日本数据库——KEGG，如果有一天突然倒塌了，富集分析将何去何从，确实是这次报错所揭露的隐患，自己搞出原子弹，才能挺直腰杆子。
当我们
检索数据库
获得数据集
做完标准化
进行差异分析
最后准备富集分析，大干一场的时候，突然“日本”专家要停止援助了，方才知道，自己有，才是真的有。
那么如何使KEGG本地化呢？Y叔早已做足了准备，但本文仅为粗略回顾，相关概念请移步参考资料，同时可以关注Y叔公众号进行学习，clusterProfiler博大精深。
4
KEGG数据库本地化
1. 网络条件好的情况下
# install.packages("remotes")
setwd("G:\\")
remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #github在线安装
library("createKEGGdb")
create_kegg_db("hsa") #将人类的KEGG富集所需文件打包为KEGGdb包
install.packages("G:\\KEGG.db_1.0.tar.gz", repos=NULL,type = "source") #建议一段时间运行一次
#上述代码仅需一段时间运行一次即可，KEGG更新速度不会很快
#实际使用情况
library(KEGG.db)
library(clusterProfiler)
kk <- enrichKEGG(gene = gene,
organism = 'hsa',
pvalueCutoff = 0.05,
qvalueCutoff = 0.05,
use_internal_data =T)
#其实本地查询与在线查询唯一不同的就是设置use_internal_data =T
1. 网络条件不好的情况下
先安装devtools，以前参考过的devtools安装教程：
https://blog.csdn.net/weixin_42098685/article/details/105864543
同时，7天内后台回复KEGG本地化，获得createKEGGdb-master.zip文件的下载链接，将文件下载后，绝对路径放入参数中即可安装
devtools::install_local("G:\\createKEGGdb-master.zip")
library("createKEGGdb")
create_kegg_db("hsa") #将人类的KEGG富集所需文件打包为KEGGdb包
install.packages("G:\\KEGG.db_1.0.tar.gz", repos=NULL,type = "source")
#上述代码仅需一段时间运行一次即可，KEGG更新速度不会很快
#实际使用情况
library(KEGG.db)
library(clusterProfiler)
gene <- c(5214,54578,54659,117145,217,84869)#输入的基因格式为entrezID
kk <- enrichKEGG(gene = gene,
organism = 'hsa',
pvalueCutoff = 0.05,
qvalueCutoff = 0.05,
use_internal_data =T)
kk@result
#其实本地查询与在线查询唯一不同的就是设置use_internal_data =T
感谢观看到最后，欢迎批评指正！
【参考资料】
KEGG数据库倒闭了吗
KEGG数据本地化，再也不用担心网络问题了
注：图源网络，侵删
图文：陈浩然
本文编辑：莫状
