本文由医信融合团队成员“陈浩然”撰写，已同步至微信公众号“医信融合创新沙龙”与“研究生学生信”，更多精彩内容欢迎关注！

在之前的推送中，已经介绍了 GEO 数据库的架构、分析流程：

1. 四文搞定 GEO 数据库转录组差异分析之简介

2. 四文搞定 GEO 数据库转录组差异分析之操作

3.GEO 的 ID 转换已经通关了

其中已经整理出了整个的分析流程

GEO 转录组数据分析流程

不同数据类型分析流程

随着芯片数据逐渐退出历史舞台，测序数据以大数据量而低信息量的姿态摆在了分析人员面前，但对于上游的数据下载、定量，质控等等操作却是以前让人头疼的一件事，常用的 windows 系统无法处理如此大量的数据，而 Linux 中，软件下载，环境配置，流程的搭建也让许多人止步于此，如何跳过这一步骤，直接获取更有价值的定量结果呢？这篇 Science Reports 或许能提供一定帮助

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简要介绍

这篇已发表的数据库，功能十分完善，不仅包括了数据的定量，还包括了过程中的质控结果，以及后续衔接差异分析，甚至可以结果上传到 iLINCS 数据库中进行后续分析。但是，篇幅有限，本推送仅介绍作为 count 定量结果这一功能，以作为之前推送的补充。不过其他功能也在 Help 页面进行查看

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质控筛选

就像生产车间刚出来的产品，需要质控合格后方才能流入市场。上游分析结果也并非每个都能用，质控合格后，下游分析的结果可能才更加符合实际。而如何来查看质控结果呢？

首先进入质控结果页面，以 GSE112749 为例：

1. 进入页面（http://www.ilincs.org/apps/grein/?gse=GSE112749）

2. 点击QC report

3. 每个样本有 1 个 fastqc 结果，所有 fastqc 结果合并为 multiQC 一共有 12 个指标，不同指标有不同的阈值。

4. 如果粗略判断的话，报告中其实已经用颜色表明（红色代表失败、黄色代表警告、绿色代表通过）

5. 想要了解每个指标的作用，可以移步官网（https://multiqc.info/），在此不过多阐述

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定量结果下载

经过了质控的样本，就可以下载 count 定量矩阵了

1. 点击Counts table

2. 点击Show counts table

3. 点击Download data

保留 gene symbol 以及质控合格的列即可进行后续分析了。

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对于一些未定量的 GSE 怎么办

如上图所示，确实还有 3w 左右的数据仍在处理当中，如果需要分析的数据集不幸成为 1/30000，那么也有办法

在方框中搜索后如果在数据库中没有处理的，会纳入到处理进程中，样本数据量小的话，一般 2-3 天就出结果，按照之前步骤下载即可。

至此，GEO 数据库转录组数据分析，不管是芯片数据，还是测序数据，基本没有难题了。

感谢您观看到最后，敬请批评指正！

图文：陈浩然

本文编辑：李晨龙