我校公共卫生学院曹红艳团队在统计基因组学领域取得新进展

近日，我校公共卫生学院曹红艳课题组依托煤炭环境致病与防治教育部重点实验室、生物医学数据与统计山西省重点实验室，在国际高水平期刊《Advanced Science》（中国科学院一区TOP期刊，IF=14.1）上发表最新研究成果“SpatialESD: Spatial Ensemble Domain Detection in Spatial Transcriptomics”，公共卫生学院卫生统计学教研室曹红艳副教授与密歇根州立大学统计概率系崔跃华教授为本文的共同通讯作者。

空间转录组学在测量基因表达的同时保留了细胞在组织上的空间位置信息。精确识别基因表达和空间位置一致的空间域，可为肿瘤等重大疾病治疗靶点的确定提供重要科学依据。本研究聚焦空间转录组数据复杂结构且现有多种空间域识别方法结果存在差异这一挑战，提出了空间域集成识别方法（Spatial EnSemble Domain detection，SpatialESD），通过捕获不同空间域识别结果间的直接共现模式和多尺度间接关系，提高了空间域识别的稳健性和准确性。进一步将SpatialESD应用于脑肿瘤、乳腺癌和卵巢癌等空间转录组数据的空间域识别，检测出区域特异性差异表达基因，为理解组织结构异质性和疾病机制提供了新思路。研发的SpatialESD的R软件包发布在github网站（https://github.com/biostatLiu/SpatialESD），供全球科研人员开放使用。

曹红艳课题组致力于统计基因组学研究，前期开展了多组学数据整合分子分型方法及其应用研究，发展了系列多组学数据整合分子分型方法，如核交互多核学习（Briefings in Bioinformatics, 2025），加权多核学习（ British Journal of Cancer, 2024），metagene相似网络（Briefings in Bioinformatics, 2024），分层多核学习（Briefings in Bioinformatics,2023）等方法。近年同步开展了单细胞和空间转录组数据统计建模方法及应用研究，为基因组学研究提供了研究工具和新的分析方法。课题组在统计遗传与基因组学研究领域进行了卓有成效的探索，为高水平公共卫生学院建设贡献了科技力量。

原文链接：

https://advanced.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202520912?af=R

（图文/曹红艳）