基础医学学科是山西省唯一的基础医学博士学位授权点，拥有省内最优秀的基础医学科研团队，长期以来一直开展基础医学理论和应用研究，围绕食管癌发生机理、心肌缺血性疾病、肝脏纤维化、糖尿病、心脑血管病药物、干细胞等方向开展研究。目前形成了人体生理与病理生理学、再生医学、病理学、人体解剖与组织胚胎学、基础药理与分子药理学、医学信息学等六个稳定的研究方向。

2016年以来学科主持国家级科研项目48项、省部级科研项目163项，发表SCI论文325篇，专利83项，获得省部级科研成果奖16项。公开发表的学术论文中，围绕神经退行性疾病药物治疗的机制研究、代谢紊乱相关心血管疾病的多种机制研究、心肌再生的基础与临床研究、食管鳞癌遗传变异的分析鉴定及癌变机制研究、健康医疗大数据应用及精准医学等研究领域，形成了多篇标志性学术成果。其中以国家百千万工程人选、教育部“新世纪优秀人才”、山西省青年三晋学者、“三晋英才”高端领军人才崔永萍教授带领的团队，依托“食管癌发病机理及转化研究”山西省重点实验室和山西省科技创新重点团队，围绕我国特色、山西高发的食管鳞癌，聚焦于食管鳞癌早筛、早诊标记物和食管癌驱动基因作用网络研究方向，利用多组学、细胞生物学和分子生物学技术与手段，在食管癌发生发展中关键基因的作用及其功能研究基础上，取得了系列原创成果。据Web of Science数据，近五年在全球食管癌遗传变异分析领域最有影响力的人员中，本学科贡献达17%，排名第5。

学科于2016年获批国家级实验教学示范中心，成为区域一流的基础医学教学和研究平台。另外为了满足科研需求，于2019年底在中都校区建成占地8000平米的基础医学研究中心为学科的未来发展提供了有力支撑。