2022年4月27日，团队在管理学院207会议室就2019年12月20日刊登在《柳叶刀》杂志的学术论文《Transcriptomic signatures related to the obesity paradox in patients with clear cell renal cell carcinoma: a cohort study》的复现工作进行了交流。

肥胖，即体重指数(BMI) ≥ 30 kg/m 2，是很多疾病的诱发因素。肥胖会导致罹患肾透明细胞癌(ccRCC)的风险增加，但与一般认知矛盾的是，接受肾切除术治疗的局部ccRCC肥胖患者和接受靶向治疗的转移性ccRCC患者比体重正常的患者存活时间更长，这种现象被称为肥胖悖论。由于对这种关联的生物学机制知之甚少，文章的研究旨在确定肥胖和正常体重患者之间原发性肿瘤或瘤周脂肪组织的转录组差异。

文章通过对COMPARZ III期临床试验、TCGA-KIRC队列和MSK免疫治疗队列三部分的数据分别进行IMDC风险评分的矫正/KM分析、基因富集分析、肿瘤转录组学差异分析（Hallmark基因集的GSEA分析）、肾切除术和流式细胞术等分析方法，探讨研究了在局部和转移性ccRCC患者的临床队列中观察到的BMI与生存率之间存在负相关的潜在机制，提出在肿瘤微环境（肿瘤和瘤周脂肪组织）内血管生成和炎症程序的基因表达差异可能有助于解释肥胖患者与正常体重患者相比的生存优势，为在ccRCC患者中观察到的肥胖悖论提供了生物学支持。

通过前期的探讨学习，大家一致认为此篇文章质量较高，研究方法和内容与团队科研工作贴合较为紧密，对其进行复现意义较大。

硕士研究生程灵婧等同志就复现的相关进展做了汇报。复现团队通过对数据来源、研究方法等因素进行评估，决定从TCGA-KIRC队列的相关研究入手。团队从TCGA数据库筛选下载了所有公开可用的相关数据的样本文件和metadata.json文件,通过R和SPSS等软件进行了基因富集分析和KM分析，得出了与文章相似的结论，复现工作取得了初步成功，观察到了与正常体重患者相比，肥胖患者的肿瘤微环境存在的差异。

之后复现团队也就复现过程中存在的问题与大家进行了探讨，例如在对从TCGA数据库下载到的数据进行分析的过程中发现，部分样本的临床信息有部分缺失，尤其是部分缺乏BMI信息的样本会对整体分析产生一定的影响。

于琦教授对复现工作的进展进行了指导，他首先肯定了复现团队的工作，认为复现工作取得了初步成效，与进行此项工作的初衷相符，对团队的科研工作有着较强的促进意义。同时他也指出，有效提出具有研究价值的临床问题仍是团队科研工作的瓶颈之一，他以此篇文章为例，肥胖悖论在患肾透明细胞癌患者中的发现需要长时间的临床工作经验，同时，文章也前瞻性地收集了非转移性ccRCC患者队列中肿瘤周围脂肪组织的基因表达差异并进行了分析，培养像本文作者一样能敏锐意识到预后差异可能与肿瘤和瘤周脂肪组织之间的相互作用有关的能力仍是团队需要努力的方向。

于琦教授同时指出，将文章复现并非这项工作的最终目的，运用相关方法解决临床问题才是科研工作的努力方向，他指派临床一线工作的团队成员对初步复现的成果进行进一步的运用，真正把文献学懂、学活。