山西医科大学档案馆成立于1999年，为正处级建制，下设收集编研部、利用服务部、电子文档部、人事档案部四个科室。档案馆管理学校从事招生、教学、科研、管理等活动直接形成的对学生、学校和社会有保存价值的各种文字、图表、声像等不同形式、载体的历史记录，建筑面积近2000平方米。

档案馆负责管理全校文书、教学、科技、会计、出版、照片、录音、录像、实物、业务数据、公务电子邮件、网页信息、社交媒体等十三类共计约96万件档案。负责管理全校教职工人事档案。

2000年12月经省档案局验收，我馆达到“国家科技事业单位档案管理二级”标准。

2002年干部人事档案管理经省委组织部验收，达到中组部的二级标准。

2024年11月经国家档案局预认定，我馆达到全国高水平数字档案室标准。2025年1月国家档案局下发《关于山西医科大学通过数字档案室认定的通知》，我馆成为《推进机关数字档案室建设实施办法（试行）》（档办发〔2024〕7号）印发后的全国首批高水平数字档案室。

山西医科大学档案馆现为山西省高校档案学会常务理事单位，馆藏丰富。其中党群、行政档案最早立卷于1948年，目前，根据国家有关政策，已将可以公开的档案向社会全部开放，欢迎各界人士到山西医科大学档案馆查阅有关资料。