2000年12月，我校档案工作经山西省档案局验收，达到“国家科技事业单位档案管理二级”标准。

2002年12月，我校干部人事档案工作经省委组织部验收，在全省高校中率先达到“中组部干部档案管理二级”标准。

在2006年的省教育厅组织的山西省高校档案工作检查评比中，我校被评为“全省高校档案工作先进单位”， 4人被评为“全省高校档案工作先进个人”。

2010年8月，我校被省委组织部评为干部人事档案工作先进集体。

2014年4月，我校干部档案“三龄两历一身份”专项清理工作被省委组织部评为优秀。

2014年12月，我校在全省高校率先完成干部人事档案数字化，并已投入使用。

2017年2月，我馆被山西省人力资源和社会保障厅、山西省妇女联合会授予“山西省三八红旗集体”荣誉称号，这是全省档案系统中唯一获此殊荣的单位。

2017年11月，我馆在全省高校率先开展存量档案数字化工作。

2018年5月，我馆在全省高校率先完成存量档案数字化工作。

2019年5月，省委组织部举办的全省干部人事档案工作培训中，我校是全省唯一一家发言高校。

2021年9月，档案馆获得山西省人力资源与社会保障厅、山西省档案局联合颁发的“山西省档案工作先进集体”荣誉称号。

2021年12月，经山西省档案局推荐、国家档案局审批，山西医科大学成功入选数字档案室建设试点单位，是全省高校首家试点单位。

2025年1月9日，国家档案局下发了《关于山西医科大学通过数字档案室认定的通知》，我校顺利通过数字档案室认定，成为《推进机关数字档案室建设实施办法（试行）》（档办发〔2024〕7号）印发后的全国首批高水平数字档案室。