山西医科大学医学科学院（以下简称为医科院）是学校校级学术和科研管理机构，于2021年12月正式成立，负责全校科学研究和科研管理工作。医科院坚持创新引领、高位发展、激发活力、服务师生，通过整合资源、优化重组、优势互补、协同创新，构建具有国际视野、国内一流的医学科技创新体系。
医科院由科学研究部、医学技术服务部、模式动物资源部、前沿医学研究中心组成。
科学研究部主要负责医科院发展规划的制定与实施；负责各类科技计划、项目申报和管理；负责科技创新平台建设与管理；负责科技交流与合作；负责创新人才支持计划的申报与管理，完成学术委员会交付的工作；负责监督科研实验室的安全和科研诚信建设等工作。
医学技术服务部主要负责科学研究常规实验技术指导、辅导和升级服务，大型仪器设备开放共享、技术协作与交流服务，实验技术人员的培训服务和合作交流等工作。
模式动物资源部以实验动物资源供给、动物实验技术服务工作为中心，开展与动物技术相关的动物饲养管理、动物实验技能培训、提供个性化动物实验服务和承接动物安全评价服务等工作。
前沿医学研究中心汇聚了学校各级各类科研平台和创新团队，聚焦生命科学前沿问题和热点问题开展研究，为相关疾病研究提供资源、数据和方案，打造一流医学科技创新高地、高层次人才培养高地、国际学术交流高地和科技成果转化高地。
百年山医路，启航新征程。医科院将持续推进体制机制创新，整合科技资源，汇聚高端人才，培养优秀人才，促进学科交叉，围绕生命科学基础研究突出问题和临床诊疗关键问题开展研究，做出原创性贡献，取得标志性成果，引领山西区域医学创新发展，为服务健康山西和健康中国作出积极贡献。
