中心实验教学目前全部在中都校区开展，原迎泽校区和中都校区实验教学总面积由2.6万平米转变为2.3万平米，场地包括博学楼A 1-5层，博学楼B 1层，逸夫楼1-5层，生命科学馆1-3层。基础医学实验中心包括形态学、机能学、生物化学与分子生物学、人体解剖学、医用理化、生物制药、微生物学与免疫学7个学科群，下设9个教学子平台。仪器设备总值达7355.20万元。拥有仪器设备6009台套数，满足实验教学大纲要求，可以完成日常教学任务，新增的实验项目基本可以在现有的仪器设备基础上开展，并不断更新补充仪器设备。2018年以来，数码显微互动实验室由3个增为6个，新增4个人体机能实验室，新增人体解剖、形态数字人教学系统，解剖数字人教学辅助系统等。中心教学仪器同时共享服务于科研实验，促进科研发展。

形态学实验室拥有多媒体控制系统、多用途显微镜、超簿切片机、显微操纵仪、荧光显微镜照像系统、凝胶成像分析系统、多功能冷冻干燥仪、生物彩色电视显微镜等设备300余件。2012年更新了生物显微镜、解剖显微镜、多人共览显微镜及研究级数码倒置荧光显微镜等80余件设备，新建了6个包含数字切片制作系统、数字切片库系统的数码显微互动教学实验室，可同时容纳200余名学生上课。在此基础之上，利用数码系统开设开放实验室和形态学考试平台，提高了仪器设备的利用率。2015年新增生物标本库系统1套，为实验教学和教学改革提供了必要的标本储存保障。

机能学实验室配置有满足实验教学所用的常规实验设备，包括多导生理记录仪、离体心脏灌流系统、高速记录仪、医用图像分析系统、电磁血液流量计、血磁流量计、氨基酸分析仪、离子影像分析系统、四通道生理记录仪、膜片钳、立体定位仪等设备。2012年以来新增医学机能虚拟实验系统、BL-420F生物信号采集系统、运动心肺测试仪、运动心电测试仪和肺功能仪等先进仪器设备，充分满足学生教学实验基础的同时，增设开放实验室，使仪器利用率达90%以上。

生物化学与分子生物学实验室目前拥有荧光分光光度计、多媒体实验室设备、全自动数码凝胶成像处理系统、快速纯化工作站、液相色谱仪、四通道血小板聚集仪、热循环仪、基因显微操纵系统、冷冻干燥器、超低温冰箱、超纯化水系统、高速冷冻离心机等设备500余件。在此基础上，2012年以来新增和更新的设备包括凝胶成像分析系统、PCR仪、全自动酶标仪、制冰机、分光光度计、高速冷冻离心机、倒置显微镜等900余件仪器设备。

人体解剖学实验室建有系统解剖、局部解剖、断面解剖等实验室及标本室，在满足基本实验教学基础上，2011年以来更新和增加了抽风型尸体解剖台、组合分离解剖台、尸体箱、骨骼箱、系统及局部解剖模型等仪器设备，又通过通风设备的建设，改善学生学习和实验教师的工作环境。另外作为山西省红十字会接受遗体捐赠的合作单位，新建了可存放200余具尸体标本的机械化尸体库，大大改善了实验室的整体环境。

医用物理学和医用化学实验室仪器设备在满足基本性教学的基础上，2012年以来增加核磁共振成像分析系统、血液粘度计、紫外分光光度计等仪器设备300余件。

生命科学馆设备、标本主要包括胎儿发育过程演示系统、人体系统虚拟展示与功能指标检测系统、人体模拟解剖实验多媒体操作平台、人体细胞微观与切片立体展示系统、胚胎专业知识查询机、病毒知识触控查询机、人体寄生虫生存环境模拟演示及互动教学平台、微观生命科学展示系统、山西省流行病展示系统以及人体各部位塑化、切片、铸型标本等，利用率100%。

中心现有仪器设备数量充足，完全满足多学科、各层次学生实验教学需求。仪器设备实行统一管理，资源共享，更新率达50%以上，综合利用率达95%以上。