基础医学实验教学中心组建于2010年，于2013年被评为山西省实验教学示范中心,2016年1月被教育部高等教育司评为国家级实验教学示范中心。中心组建和发展经历了历史积淀、改革探索和跨越发展三个阶段。

历史积淀（1919—1996）

山西医科大学的前身是山西医学传习所，创建于1919年。学校多次易名，数次迁址。1932年1月，改为私立山西川至医学专科学校。1940年3月，更名为山西大学医学专修科。1949年4月24日太原解放，由山大医学院、川至医专、长治和平医专和太原高级助产学校合并为山西大学医学院后，组建了人体解剖学实验室，第一任实验室主任为刘祯唐高级实验师，在他的带领下，收集整理骨骼标本967付，不仅提供了丰富的教学标本资源，也为人类学的科学研究提供了必要的条件，人体解剖学实验室在1987年被评为省级先进实验室。新中国成立后，学校步入了一个崭新的发展时期。1953年9月，独立建校，更名为山西医学院。在学校成立之初，已成立人体解剖学、生物化学、医用物理学、寄生虫学和细菌学实验室，进行少量实验教学。经过多年发展，在1958年成立基础医学部之后，逐步完善和发展，形成了12个教学实验室，在乔健天、赵荣瑞、吴博威、韩德五、单鸿仁、何泽勇等一代名师的带领下，构建了一支具有素质优良、结果合理的师资队伍，形成了教学严谨、勇于创新的优良传统。

改革探索（1997—2010）

基础医学部结合学科发展和我国教育改革的要求，1997年将生理实验室、病理生理学实验室和药理学实验室合并成立机能实验室，并于成立当年被山西省教育厅评估为合格实验室。1998年生物化学与分子生物学实验室被山西省教育厅评估为合格实验室。将组织学与胚胎学实验室、生物学与遗传学实验室、人体寄生虫学实验室和病理解剖学实验室整合而成形态学实验室，开展形态学日常实验教学工作，1999年通过了山西省高等学校实验室合格评估，并获“山西省高校实验室评估工作先进集体”表彰。医用化学实验室和医用物理学实验室于1999年被山西省教育厅评估为合格实验室。微生物与免疫学实验室与人体解剖学实验室于1998年评估合格。

1999年基础医学部更名为基础医学院，学院下设12个教学实验室，其中2004年生物化学与分子生物学实验室被批准为山西省首批基础课示范实验室。2005年机能实验室被评为“山西省高等学校基础课示范实验室”。2006年在教育部本科教学质量评估的推动下，学院及时对各实验室中的实验比例进行了调整，增加了综合性和设计性实验比例，为基础医学实验教学中心的跨越发展奠定了基础。

跨越发展（2011—今）

基础医学实验教学中心经过十多年发展，已经成为面向全校临床医学、预防医学、口腔医学、麻醉医学、影像医学、法医学、卫生检验与检疫、护理学、信息管理、公共事业管理、生物制药、医学实验技术、眼视光学、药学、医学检验技术等31个本科专业的10000余名学生/年的实验教学平台，包括形态学实验室、机能学实验室、生物化学与分子生物学实验室、微生物与免疫学实验室、人体解剖学实验室、医学化学实验室、医用物理学实验室、生物制药实验室、生命科学馆等9个教学单位。还按照高等医学教育的改革趋势和发展方向，以创新性的结构模式，和其他高校合作共建“以器官为中心”虚拟仿真教学系统，该系统通过以人体器官系统为中心，将人体组织与胚胎学、人体解剖学、人体形态学、人体病理生理学、诊断学和药理学等基础与临床学科进行整合，针对性的开展PBL在线教学和在线测试。建设综合性的虚拟仿真实验教学资源库，尝试和探索全新的医学课程教改体系。2013年被山西省教育厅批准为山西省实验教学示范中心。中心实行学校和学院两级管理体系，有实验人员40余名，由中心统一管理和安排教学任务。
近年来中心人员共获批省级教学改革项目立项共10项；获得7项山西省教学成果奖；发表国家级和省级教学论文41篇，主编参编本科生及研究生教材103部，出版实验教材22部；培养了山西省教学名师10名，获教学奖励41项。中心先后选派约35人次出国进修学习，选派约50人次到国内高校进修培训，2011年以来安排百余人次参加国内实验教学参观交流和培训，参加国内外会议超过150人次。仅2020年度，共获批省级以上科研项目29项，其中国家基金6项；发表学术论文195篇，其中SCI、ISTP等收录121篇；出版著作73部；申请专利25项。