学校坚持以学科建设为龙头，学位点建设为核心，分层分类推进学科建设。通过深耕优势学科，拓展交叉学科，培育新兴学科，构建了多学科协调发展的新格局，形成了科学有效的组织机构及高效规范的运行机制；学校坚持医学为主，医文结合、医理结合、医工结合、医管结合，协调发展的办学原则，学科建设成效显著，表现在学科特色和优势更加明显，学科水平和实力稳步提升。
学校现有生理学国家重点学科，生理学教育部重点实验室，13个国家临床重点专科，12个省重点学科，省“1331工程”优势特色学科1个，省级协同创新中心1个，2个生物医药产业创新学科群；在第四轮学科评估中，2个学科进入前40%；临床医学、药理和毒理学学科进入ESI排名前1%，核医学连续三年名列全国前10名，风湿免疫学名列全国第12名，部分优势学科形成了冲击国内一流的良好态势。
学校现有3个一级学科设有博士后科研流动站——特种医学、临床医学、公共卫生与预防医学；6个博士学位授权一级学科——特种医学、临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、护理学、药学；1个自主设置博士二级交叉学科——人文医学；2个博士专业学位授权点——临床医学、口腔医学；10个硕士学位授权一级学科——特种医学、临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、护理学、药学、口腔医学、马克思主义理论、应用心理学、医学技术；8个硕士专业学位授权点——临床医学、公共卫生、护理、口腔医学、药学、图书情报、社会工作、应用心理。
特种医学一级学科依托于特种医学科学研究院，为山西医科大学高峰学科，由放射医学（核医学）、法医学和职业病学3个二级学科组成，学科带头人为中华医学会核医学分会主任委员李思进教授。放射医学（核医学）始建于1958年，是我国最早建立的核医学科之一，现全国排名第八；法医学始建于1980年，是教育部批准的全国第一个法医学本科专业，1983年教育部联合公安部、司法部、卫生部、最高人民检察院和最高人民法院围绕法医学专业创建在太原召开了“全国高等法医专业教育座谈会（晋祠会议）”，被公认为新中国高等法医学专业教育发展的里程碑；职业病医学始建于1951年，是我国最早建立的职业病学科之一，2018年中华预防医学文章指出山西医科大学在近10年来职业卫生方向获得国家自然科学基金数目名列全国第一。
临床医学一级学科是山西省高等医学教育的领头雁和医疗卫生服务的排头兵，为山西医科大学高峰学科，现有20所直属附属医院、30余所教学医院、10多个研究生培养基地，是全国首批学士、硕士学位授权学科、山西省首批博士学位授权学科。学科优势明显，；学科方向覆盖临床医学所有二级学科，其中国家临床重点专科13个，山西省“136”兴医工程领军专科10个（每个专科省政府予以1亿元经费资助），影像医学、风湿免疫学、精神医学、骨科学、肾脏病学、耳鼻咽喉科学、血液病学、泌尿外科学、心血管病学等学科方向在国内外具有一定影响力。
（2021.9.30 更新）
